Rappels de mycologie générale
Examens directs et indirects
Pour pouvoir impliquer un micro-organisme dans une pathologie, il s'agit d'observer directement le pathogène, de l'isoler à partir du prélèvement à fin de confirmation. Plusieurs tests spécifiques peuvent être mis en œuvre pour cela.
Tout d'abord, le pathogène est recherché directement dans le prélèvement réalisé, soit à l'état frais, soit après fixation et coloration spécifique pour facilité sa mise en évidence.
Ensuite, il peut être nécessaire d'isoler le champignon par culture sur une milieu sélectif, puis de le caractériser sur un milieu sélectif. Le temps nécessaire au développement des cultures, la température optimale, les aspects macroscopiques et microscopiques des cultures peuvent donner certaines indications mais il est souvent nécessaire de rechercher des caractéristiques plus fines, des spécificités physiologiques, biochimiques voire moléculaires et donc d'utiliser des méthodes indirectes.
- Test de blastèse ou test de Taschdjian ou test de filamentation
Il s'agit de mettre en évidence, lors de l'incubation en présence de sérum à 37°C et en moins de 3 heures, la formation d'un tube germinatif de longueur supérieure à 3 x le grand diamètre de la levure. Le filament ainsi formé ne présente pas de cloison. Ce test est positif pour l'espèce Candida albicans ainsi que pour sa proche voisine, Candida dubliniensis.
- Recherche de chlamydospores et de pseudomycélium
En situation critique, par exemple sur certains milieux de culture pauvres (tels les milieux PCB ou RAT) et en anaérobiose, les levures peuvent s'adapter et différentier des structures leur permettant de survivre comme par exemple le développement d'un pseudomycélium ou la formation de spores de résistance appellées chlamydospores
- Auxanogrammes : assimilation et fermentation des sucres
Les espèces fongiques étant dépendante de sources de carbone et d'azote, elles présentent des profils enzymatiques permettant l'assimilation ou la fermentation plus ou moins large des différents sucres qu'elles peuvent rencontrer dans leur environnement. Toutes les espèces ne présentent pas les mêmes caractéristiques enzymatiques et ceci peut permettre de les distinguer.
Il existe des kits commerciaux permettant de réaliser ce type de tests en série.
- Antifongigrammes
La résistance spécifique éventuelle des champignons à certains antifongiques peut aussi constituer un élément de diagnostic. De plus les résultats in vitro obtenus, peuvent se révéler particulièrement utiles en cas d'absence de réponse à un premier traitement instauré.
Différents kits commerciaux existent et permettent le plus souvent d'établir simultanément le degré de résistance à plusieurs antifongiques
- Les tests de caractérisation moléculaire sont de plus en plus souvent utilisées.
En effet, grâce aux techniques d'amplification génomiques (PCR) et aux banques génomiques, il n'est plus forcément nécessaire de disposer d'un échantillon pur pour pouvoir caractériser un organisme.
Remarque : Identifier un champignon
L'examen direct reste encore incontournable. Sa mise en évidence dans un examen frais constitue la première indication de sa possible responsabilité dans une pathologie.
Cet examen peut se faire à l'état frais directement sur le prélèvement médical ou après fixation et/ou coloration ou encore, dans le but d'augmenter sa concentration, après mise en culture d'une partie de l'échantillon dans des conditions appropriées..
Il convient donc, au moment où l'on s'apprête à faire les observations, de savoir précisément ce que l'on recherche sur une telle préparation.
