Principales « Levures »
Caractéristiques macroscopiques et microscopiques des levures
L'aspect macroscopique de la plupart de ces levures est très semblable : les colonies sont de couleur blanc crème à jaunâtre, de texture variable plus ou moins crémeuses voire granuleuses selon les espèces. La forme de la colonie est ronde et se développe de façon centrifuge à partir d'une cellule initiale, sinon elle est dépendante de l'inoculum réalisé.
L'aspect microscopique n'est pas spectaculaire: les levures sont presque toutes globuleuses, ovoïdes à allongées, ou cylindriques
Toutefois il convient d'étudier plus particulièrement
les sites de bourgeonnement afin de distinguer les bougeonnements simples, multiples, unilatéraux, multilatéraux, et la base étroite ou large entre les cellules mères et les cellules filles.
la présence éventuelle de filaments : pseudomycélium ± fréquent, ± long, ramifié, plus rarement véritable mycélium septé
parfois la présence de structures de résistance : chlamydospores
éventuellement la présence de structures de reproduction sexuée
Ascomycotina
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Basidiomycotina
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La technique de préparation d'une lame en vue de l'observation est présentée dans la vidéo suivante. Afin de mieux visualiser le champignon, le bleu lactique, une coloration vitale, est utilisé.
Description du genre Candida
Principales espèces
Environ 200 espèces sont connues et peuvent se rencontrer plus ou moins spécifiquement dans certains habitats
Candida albicans, dubliniensis, glabrata...
Endo-saprotrophes du tube digestif de l'Homme et des Animaux
C. parapsilosis, tropicalis, krusei, kefyr...
Exo-saprotrophes
Diagnostic de Candida albicans
Caractéristiques de l'espèce
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 | Test de blastèse Réalisé par incubation des levures à 37°C pendant 3H dans un sérum riche en N-acétylglucosamine. Lorsque le test est positif on observe la formation d'un tube germinatif dont la longueur atteint 3x le plus grand diamètre de la levure. Ne pas confondre ce test, réalisé en quelques heures avec une culture qui nécessite un milieu complet et une incubation de l'ordre d'une ou deux journées. |
Comparaison microscopique de deux espèces en coloration au bleu lactique
Candida glabrata : une espèce macroscopiquement ressemblante à Candida albicans, mais aussi par certains aspects à Saccharomyces cerevisiae (aspect plutôt brillant, couleur plus crème) dont elle est phylogénétiquement voisine. |  |
 | Candida dubliniensis une espèce, macroscopiquement et microscopiquement très proche de Candida albicans avec laquelle elle a longtemps été confondue. Il est nécessaire de recourir à des critères physiologiques métaboliques ou à la biologie moléculaire pour les distinguer. |
En comparant les photos au microscope optique prises au même grossissement pour les deux espèces, Candida glabrata et Candida albicans, il est aisé de noter qu'elles diffèrent significativement par la taille moyenne de leurs blastospores.
Genre Geotrichum
Position systématique du genre Geotrichum et caractéristiques principales
Ascomycotina
Saccharomycetale : l'appartenance à cet ordre permet se faire la relation avec Saccharomyces cerevisiae (voir plus loin)
Endomycetaceae : une famille de champignons caractérisés par leur habitat "endophyte" sur les organismes qui leur servent d'hôte
Environ 20 espèces sont connues dans ce genre. Ils sont cosmopolites: air, sol, eaux (usées) et se développent sur les plantes, les céréales, et les produits lactés... Se rencontrent comme saprotrophe de l'Homme les espèces : Geotricum candidum, mais aussi G. capitatum et G. clavatum Plusieurs téléomorphes de Geotrichum sont connus : Dipodascus geotrichum, Endomyces lactis, Galactomyces geotrichum |  Geotrichum : filament et arthrospores d'origine thallique |
G. candidum
Espèce la + souvent isolée (selles)
Champignon filamenteux rapidement arthrosporé
Colonies plates, blanches, feutrées
Pour le diagnostic d'espèce on recherchera les arthrospores se formant de façon rétrograde sur le filament ; le filament lui-même pouvant se ramifier. On vérifiera l'absence de fermentation des sucres et l'activité uréase négative.
La température de croissance optimale du champignon est inférieure à 37°C
Complément : Origine alimentaire
Ce champignon es utilisé dans l'industrie fromagère pour le croûtage des pâtes molles fleuries ou lavées, des pâtes pressées... tels que camembert, chèvre, munster, pont-l'évêque, st nectaire... Des souches nombreuses à caractères variés existent permettant d'obtenir des arômes faible à fort, un aspect de croûtage lisse à velouté, des couleurs de blanc crème à jaune et un développement ± rapide. L'intérêt de l'utilisation de ce champignon réside dans ses propriétés antagonistes de Listeria monocytogenes Dans l'alimentation animale il est utilisé comme source de protéines et de vitamines du groupe B. |  |
Genre Saccharomyces
Position systématique et principales caractéristiques
Ascomycotina
Saccharomycetales
Saccharomycetaceae
Environ 30 espèces sont décrites dans ce genre
Les espèces S. cerevisiae et S. boulardii sont parfois isolées chez l'Homme
Les levures sont globuleuses ou ovoïdes. Les bourgeonnement sont souvent multipolaires et unilatéraux. On peut rencontrer des pseudomycélium mais pas de chlamydospores. Ces levures réalisent activement la fermentation des sucres.
La reproduction sexuée est possible et nécessite un milieu spécial (acétate de Na ou K) ainsi qu'une technique spécifique (coloration de Wirtz) pour distinguer les simples blastospores des asques, contenant les ascospores
Reproduction sexuée
Préparation microscopique (coloration de Wirtz) présentant des
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Complément : Utilisations agro-alimentaires et médicinales
Secteur santé
S. boullardii est utilisé pour la prévention des diarrhées post antibiothérapies: Ultra-levure®, Ultraderme®...
S. cerevisiae: en association avec d'autres principes actifs peut être utilisé en... ORL: Actisoufre®, Notrino®, Solacy®..., en association avec des minéraux: Calciforte®, Spasmag®... ou encore contre les troubles digestifs: Carbolevure® en association avec du charbon actif...
Secteur agro-alimentaire
Levure de boulangerie
Levure de bière
Des espèces différents sont utilisées dans la vinification, la brasserie, la cidrerie, la distillerie et la panification ou encore comme ingrédient, sous forme d'extraits de levure, aromatisant ou exhausteur de goût
Description du genre Cryptococcus
Position systématique
Basidiomycotina Tremellale Filobasidiaceae |  |
Principales espèces
20-30 espèces sont répertoriées dans ce genre
Les espèces les plus connues se présentent sous leur forme de reproduction asexuée (anamorphe)
Cryptococcus neoformans, C. grubii, C. gattii
Les formes téléomorphes correspondantes sont connues
Filobasidiella neoformans, F. bacilliformis
Ces champignons présentent une forte affinité pour les matières uroprotéiques ; on les rencontre ainsi fréquemment sur le sol des poulaillers, dans les fientes d'oiseaux (pigeons, perroquets, canaris...) mais aussi sur les débris végétaux, le bois mort, les fruits, le lait...
Diagnostic de Cryptococcus neoformans
La réalisation d'examen direct peut se faire à partir de divers prélèvements: LBA, LCR...
Le genre est tolérant à des températures élevées jusqu'à 39°C mais il est sensible à l'actidione.
L'aspect macroscopique et surtout microscopique sont étudiés : on cherchera en priorité à mettre en évidence la présence d'une capsule
Macroscopiquement, les colonies jeunes sont de couleur blanc crème, d'aspect brillant, de texture muqueuse à coulante. La coloration peut s'intensifier avec l'âge en raison de pigments caroténoïdes produits par le genre. |  |
Microscopiquement les levures apparaissent arrondies et mesurent environ 10 micromètre de diamètre sans la capsule. Habituellement il n'y a pas de pseudomycélium. L'observation de la capsule muco-polysaccharidique nécessite une coloration spécifique. |  |
D'un point de vue enzymatique, on notera
On pourra utiliser divers kits commerciaux, du même type que ceux employés pour les Candida |  |
La capsule n'est pas présente chez toutes les levures. Elle forme une enveloppe muco-polysaccharidique à l'extérieur de la paroi et peut ainsi conduire jusqu'à tripler le diamètre apparent de la levure. La coloration à l'encre de Chine repose sur la nature même de la capsule empêchant les particules de carbone en suspension dans l'eau de s'approcher de la levure. On verra donc, sur un fond plus ou moins sombre, les levure se détacher en clair, entourées d'un halo plus ou moins épais et réfringeant. Voici comment réaliser une telle coloration négative à l'encre de Chine pour la visualisation de la capsule de Cryptococcus neoformans.
Utilisation des colorations : bleu lactique et encre de Chine
Exemples d'échantillons
Culot de centrifugation de LCR, urines...
Ecouvillonnage du pus d'une lésion cutanée
Le LCR peut être observé directement après centrifugation par addition d'un colorant (bleu lactique) pour rechercher la présence de levures ou mieux par une coloration négative à l'encre de chine qui permettra de visualiser la capsule du cryptocoque sous la forme d'une zone réfringente claire plus ou moins large autour des levures. L'image ci-contre présente une levure dotée d'un capsule très volumineuse. |  |
Sérologie
les antigènes capsulaires polysaccharidiques circulants peuvent être mis en évidence par des techniques de précipitation immunologiques.
Remarque : A propos de la capsule de Cryptococcus
Important: le caractère plus ou moins virulent d'une souche est lié à la capsule ; les mutants acapsulés sont avirulents.
C'est d'abord la nature de la capsule qui a permis de distinguer plusieurs sérotypes A, B, C, D et le sérotype hybride A/D
les sérotypes A et D ont par la suite pu être attribué au téléomorphe Filobasidiella neoformans, qui correspondent aux anamorphes
Cryptococcus neoformans, variété grubii et Cryptococcus neoformans, variété neoformans.Ces champignons ont été isolés sur des patients, mais aussi dans l'air, le sol, les matières végétales, les animaux dont les oiseaux.
les sérotypes B et C ont pu être attribués au téléomorphe Filobasidiella bacillispora qui correspond à l'anamorphe Cryptococcus gattii. Ce champignon se trouve naturellement associé aux végétaux, mais il a été isolé aussi chez l'Homme, notamment en zone tropicale et sub-tropicale (Amérique, Afrique, Asie, Australie)
Description Malassezia furfur
Levure lipophile
ovale à arrondie, en grappe
pseudofilaments courts, flexueux
bourgeonnement à base large
Diagnostic de Malassezia furfur
Pour diagnostiquer cette levure impliquée dans les pathologies cutanées un examen direct est le plus souvent suffisant : Le prélèvement cutané est réalisé par grattage cutané ou par application de cellophane adhésive. |  |
 | Une coloration peut faciliter la recherche du champignon. Il peut être nécessaire d'appliquer un préalable une solution de potasse pour s'affranchir de la gêne causée par les fragments cutanés présents dans le prélèvement. La préparation ci contre est révélée à l'encre bleue Parker Généralement il n'est pas nécessaire de réaliser une culture pour identifier ce champignon. Toutefois, si cela s'avère nécessaire il conviendra d'utiliser un milieu spécifique enrichi en lipides (huile). |
Genre Rhodotorula
Positionnement systématique
Basidiomycotina
Sporidiale
Sporidiobolaceae
Description de Rhodotorula
Environ 10 espèces connues dont : Rhodotorula rubra = R. mucilaginosa, R. glutinis, R. minuta isolées chez l'Homme (peau, selles) Le téléomorphe appartient au genre Rhodosporidium (cf position systématique) Le genre se trouve naturellement dans le milieu extérieur: air, sol, eaux (propres). Il aussi été isolé sur différents supports tels matériel plastique, caoutchouc, rideaux de douche, brosses à dent, cathéters... Il se développe essentiellement en saprotrophe des plantes, des mammifères... Chez l'Homme on le rencontre en commensal de la peau, des intestins. |  |
Caractères morphologiques
Macroscopiquement les colonies sont de couleur rose corail à saumon, d'aspect luisant, lisses à plissées et de texture crémeuse à muqueuse. Ce sont des pigments caroténoïdes qui sont responsables de la coloration des colonies Microscopiquement les levures sont globuleuses à allongées et présentent des bourgeonnement multilatéraux. Il est possible d'observer une capsule à l'aide d'une coloration négative. |  |
 | Comme pour Cryptococcus neoformans, on pourra réaliser une coloration négative à l'encre de Chine pour tenter de mettre en évidence un capsule chez ce champignon |
Caractères physiologiques
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