Introduction
Les champignons filamenteux appartiennent à plusieurs taxons phylogénétiques différents :
Les Zygomycètes comportent des champignons considérés comme assez primitifs en raison de la nature coenocytique de leur appareil végétatif. Ils peuvent être à l'origine de pathologies particulièrement spectaculaires et invasives, en particulier dans des zones climatiques intertropicales.Ils ne seront pas présentés ici.
Les Dicarya sont caractérisés par l'existence d'un mycélium septé considéré comme plus avantageux d'un point de vue évolutif. Il faut souligner que du point de vue phylogénétique, les levures malgré leur appareil végétatif unicellulaire appartiennent également au Dicarya.
Les champignons filamenteux d'importance médicale sont habituellement classés en deux ensembles :
Les contaminants de l'environnement : on peut citer les genres Aspergillus ou Fusarium pour les plus célèbres. Mais de nombreux autres genres peuvent se rencontrer. La plupart des contaminants filamenteux font partie des Ascomycotina. Les Basidiomycotina filamenteux impliqués dans les pathologies humaines sont plus rares : citons tout de même le genre Trichosporon. Les contaminants sont rarement impliqués dans des pathologies superficielles. Par contre, ils sont de redoutables opportunistes, et de ce fait peuvent responsables responsables de mycoses profondes ou systémiques chez des sujets fragilisés au système immunitaire compromis.
Les Dermatophytes :ces champignons sont caractérisé par leur grande affinité pour la kératine et sont essentiellement représentés par 3 genres : Epidermophyton, Microsporum et Trichophyton. Ils peuvent exister dans l'environnement où leur rôle principal sera le recyclage des matières organiques cornées, des plumes, poils ou cheveux. Chez l'Homme, ils sont principalement responsables d'atteintes superficielles ne mettant habituellement pas en jeu le pronostic vital.
Structures de reproduction Les structures de reproduction sexuée ont été depuis fort longtemps utilisées pour classer les organismes fongiques. Ainsi les cellules à l'origine des spores de reproduction sexuée, les asques et les basides sont toujours des critères déterminants dans la systématique moléculaire. Concernant les champignons pathogènes pour l'Homme, il est intéressant de noter que la plupart font partie des "Ascomycètes". Ces champignons sont capables dans certaines conditions de produire des ascospores formées dans les asques. Des structures plus ou moins complexes actuellement appelées ascomes sont le siège de cette reproduction sexuée :
Certaines de ces structures de reproduction peuvent être obtenues après mise en culture d'un isolat et contribuent à l'identification. |  |
La majorité des "Ascomycètes" sont des champignons microscopiques et leur mode de reproduction préférentiel est asexué. Des spores haploides sont formées en grande quantité par bourgeonnement.
Différentes structures de reproduction asexuées, plus ou moins sophistiquées peuvent se rencontrer depuis de simples cellules bourgeonnant à l'extrémité d'un filament mycélien jusqu'à des structures complexes, parfois perceptibles à l'œil nu.
Cellules sporogènes : des cellules plus ou moins différentiées sont à l'origine des spores : par exemple les phialides ou les anélides
Conidiophores : des structures plus ou moins complexes rassembles les cellules sporogènes : on parle de conidiophores. Ces conidiophores peuvent être typiques d'un genre, tels ceux des genres Aspergillus ou Penicillium.
Filament mycélien produisant des spores par bourgeonnement tout autour du filament. Cette disposition ressemblant à un collier est appelée en acladium. Aucune structure spécialisée. |  Trichophyton : acladium |
 Acremonium : filament portant des phialides | Filament mycélien portant des cellules sporogènes se dressant à la verticale. Ces phialides, plus ou moins allongées, se sont indépendamment les unes des autres tout au long du filament de base. La position dressée de la phialide sur le filament est plus favorable à la dispersion dans l'environnement des spores produites. Chez certaines espèces, les spores peuvent rester plus ou moins solidaires et conduire à des disséminations en masse. Ici les spores d'Acremonium restent agrégées grâce à une substance mucilagineuse. On peut observées de petites têtes d'amérospores à l'origine de l'ancien nom du genre "Cephalosporium" |
Les conidiophores sont constituées au minimum d'un stipe, ou pied, parfois synonymisé avec le terme "conidiophore" et de celulles sporogènes. D
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